U sastavu faune podzemnih voda često dominiraju upravo rakušci. Najraznovrsniji rod slatkovodnih rakušaca na svijetu je rod Niphargus s preko 300 vrsta.
Chilopoda
Hadova striga (Geophilus hadesi) je opažena na 1 100 m dubine u jamskom sustavu Lukina jama – Trojama. To je najdublji nalaz strige na svijetu, a vrsta se smatra endemom Velebita.
Diplopoda
Dvojenoge za zaštitu od predatora posjeduju posebne obrambene žlijezde, koje sadrže veliki broj različitih odbojnih ili otrovnih kemijskih spojeva.
Diplura
Prepoznatljivi su po dugim nastavcima na kraju tijela koji se nazivaju cerci, uz pomoć kojih opipavaju prostor oko sebe.
Coleoptera
Kornjaši su najbrojnija skupina životinja u podzemljju s mnogo endemičnih vrsta. U Hrvatskoj živi preko 140 vrsta podzemnih kornjaša.
Collembola
Većina skokuna ima poseban organ za skakanje s donje strane tijela (furka), pomoću kojega vrlo uspješno izbjegavaju napade predatora.
Chiroptera
Krila šišmiša čini letna opna koja se proteže između prstiju prednjih udova i stopala.
Areneae
Za podzemlje Hrvatske poznato je 65 špiljskih svojti pauka. U Crvenu knjigu podzemne faune Hrvatske uvršteno je 12 svojti.
Isopoda
Ime jednakonožnih rakova (Isopoda) dolazi od grčkih riječi „iso“ što znači „jednako“ i „pod“ što znači „noga“, jer su im noge vrlo slične.
Decapoda
Mikroorganizmi
U podzemnim krškim staništima zastupljene su sve skupine mikroorganizama kao i na površini: arheje, bakterije, praživotinje, alge i gljivama slični protisti.
