Tri se vrste nalaze na Međunarodnoj listi ugroženih svojti: The IUCN Red List of Threattened Species, a 17 više u Crvenoj knjizi špiljske faune Hrvatske.

SVOJTA	IUCN KATEGORIJA UGROŽENOSTI
DEMOSPONGIA
1. Eunapius subterraneus subterraneus	EN – ugrožena
2. Eunapius subterraneus mollisparspanis	VU – rizična
HYDROZOA
3. Velkovrhia enigmatica	CR – kritično ugrožena
TURBELLARIA
4. Dendrocoelum subterraneum	CR – kritično ugrožena
GASTROPODA
5. Belgrandiella pageti	VU – rizična
6. Hauffenia tovunica	CR – kritično ugrožena
7. Sadleriana cavernosa	CR – kritično ugrožena
8. Zospeum likanum	EN – ugrožena
POLYCHAETA
9. Marifugia cavtica	DD – nedovoljno poznata
CRUSTACEA
10. Troglocaris anophthalmus intermedia	VU – rizična
11. Monolistra velkovrhi	EN – ugrožena
12. Proasellus cf. parvulus	EN – ugrožena
13. Niphargus jalzici	EN – ugrožena
14. Niphargus stygius licanus	VU – rizična
INSECTA
15. Duvalius langhofferi	CR – kritično ugrožena
16. Croatotrechus tvrtkovici	CR – kritično ugrožena
17. Machaerites croaticus	CR – kritično ugrožena

Popis svojti uvrštenih u Međunarodnu listu ugroženih svojti: The IUCN Red List of Threattened Species

SVOJTA	IUCN KATEGORIJA UGROŽENOSTI
CRUSTACEA
1. Troglocaris anophthalmus	VU – rizična
2. Calconiscellus gottscheensis	VU – rizična
3. Proasellus parvulus	VU – rizična

Sva podzemna fauna i fauna šišmiša zaštićena je Zakonom o zaštiti prirode iz 2005. godine, kao i Pravilnikom o proglašavanju divljih svojti zaštićenim i strogo zaštićenim, što znači da ih se ne smije ni na koji način ubijati, uznemirivati, ugrožavati ni uništavati im staništa, dakle špilje i jame.

Osim opće zaštite koju uživaju podzemne životinje i njihova staništa, posebno je zaštićena Špilja u kamenolomu Tounj u kategoriji geomorfološkog spomenika prirode (preventivna zaštita). Također, zahvaljujući višegodišnjoj upornosti naših članova i opetovanog upozoravanja državnih institucija, pokreće se postupak proglašavanja zaštićenim izvorskog područja Zagorske Mrežnice i Rupećice.